第一，报名条件不同。以2010年为例，高水平运动员报考条件要求年龄不超过22周岁且具备以下条件之一者方可报考：高中毕业，获得国家二级运动员(含)以上证书且高中阶段在省级(含)以上比赛中获得集体项目前六名的主力队员或个人项目前三名者；具有高中毕业同等学力，获得国家一级运动员(含)以上证书者，或近三年内在全国(或国际)集体项目比赛中获得前八名的主力队员。而报考运动训练、民族传统体育等体育单独招生专业的考生，要有高中毕业或具有同等学力，具备二级运动员(含)或二级武士(含)以上技术等级资格，身体健康，年龄不超过22周岁。具备一级运动员(含)或一级武士(含)以上技术等级资格的，年龄可放宽到35周岁。
第二，招生院校不同。2010年全国有234所高校招收高水平运动员，其中包括北京大学、清华大学、中央民族大学等24所在京高校。相对而言，体育单独招生专业主要包括运动训练、民族传统体育专业，招生院校有所不同，在京院校主要包括北京体育大学、首都体育学院、北京师范大学、中央民族大学等。
第三，考试方式不同。报考高水平运动员的考生，要参加北京市组织的统一体育测试，在规定时间参加招生学校组织的体育专项测试。获得高水平运动员资格的考生，还要参加全国统一高考。获得一级运动员、运动健将、国际健将及武术武英级(或以上)称号之一的考生，可申请参加招生院校组织的文化课单独考试，也可选择参加全国统一招生考试。体育单独招生考试包括文化课和体育专项两部分。文化课考试由国家体育总局科教司统一命题、组考，体育专项考试由招生院校组织，执行国家体育总局制定的统一考试办法和评分标准。
第四，录取政策不同。根据往年录取原则，高水平运动员录取要求考生通过全市统一测试，体育专项测试合格，文化成绩达到本科二批录取控制分数线，由招生学校提出书面申请，市高招办审核后向考生志愿学校提供档案，由招生学校决定是否录取。少数体育专项测试成绩特别突出、确有专业培养前途，且文化成绩达到本科第二批次录取控制分数线65%的考生，由招生学校提出书面申请和名单，经招生院校、市高招办分别进行不少于两周的公示后，市高招办向学校提供档案，由学校审查录取。获得一级运动员、运动健将、国际健将及武术武英级(或以上)称号之一的考生，可申请参加招生院校组织的文化课单独考试。招生院校按向社会公布的录取原则，从文化课单独考试合格且体育专项测试合格生源中择优录取。体育单独招生录取时，考生文化考试最低录取控制分数线由招生院校根据招生计划及考试成绩来确定。考生文化考试成绩要达到最低录取控制分数线且单项合格。招生院校根据学校确定的各项目招生人数，分项目按综合成绩由高到低，按考生体育专项成绩及综合成绩确定录取标准。不同院校录取原则有所区别。