1、办公室
承担政务公开、机关规范性文件审核工作。负责局机关文电、会务、机要保密、档案、信访等工作。负责新闻宣传、信息撰写上报工作；负责局机关餐厅管理和接待工作；负责局机关公车管理；完成领导交办的其他工作。
2、政策法规科(行政审批科)
对符合法定条件的申请人实施港口经营行政许可，依法对港口经营人的经营行为和安全管理活动实施监督管理。
3、港口运输管理科
负责编制全市水运发展规划、港口总体规划，编报海事监督、港口航务管理年度计划并组织实施；负责港口建设工程施工许可、竣工验收及违法建筑的查处；负责水运工程建设项目前期工作及质量安全监督行业管理工作。负责本系统统计信息工作。负责对全市水路运输及运输辅助业市场实施行业管理；负责全市水路运输行政管理，组织和协调辖区的战备军事运输和防汛抗灾工作。负责全市港口岸线行政管理工作，审批（申报）建港岸线，依法查处乱占岸线行为。
4、地方航道管理科
负责编报航道管理、港口航务管理年度计划并组织实施。负责全市地方航道行政管理工作；负责地方航道通航技术标准审查，参与协调水资源综合利用。
5、安全监督科
负责水上交通安全监督，防止运输船舶污染水域，对船舶安全生产条件和水运企业安全管理体系实施监督管理，管理水上交通通航秩序和通航环境，划定或调整禁航区、交通管制区、港区外锚地、停泊区和安全作业区；负责水上水下施工活动行政许可和监督管理，对重点航段船舶航行状况和重要港口企业实施电子信息监控，组织水上应急搜寻救助，对通航水域沉船沉物打捞实施监督管理；管理和发布航行警（通）告；按规定权限调查、处理水上交通和船舶污染事故；负责船员违法记分管理工作；按规定权限负责船员服务薄发放和船员、引航员适任资格发证管理工作；负责辖区内的船舶登记和进出港报告管理工作。
6、船舶船员科
负责船员登记、考核管理。
7、船舶检验科
负责船舶检验，编制船舶检验年度计划并实施。按规定权限负责船舶、水上设施、船运货物集装箱、船用产品的法定检验管理；负责渔船检验监督管理。
8、计划信息科
9、装备器材管理科
负责装备器材管理。
10、人事科
负责人事工作管理。
11、财务科
负责机关及基层各单位的财务管理。
机关党委、机关纪委按章程设置。